Compañero de MS aquí, y yo también estoy pasando por una mentalidad idéntica a la tuya.
Para poder responder a su pregunta, sería preferible tener más contexto sobre su disciplina; pero voy a dar mi mejor tiro de todos modos.
¿Has participado en algún proyecto, específicamente proyectos de diseño (debido a la falta de contexto, tendré que hacer algunas suposiciones desde la perspectiva de un estudiante de ingeniería) mientras cursaba tu licenciatura?
Si la respuesta es afirmativa, generalmente se recomienda que elija una tesis a nivel de posgrado, suponiendo que sus títulos de BS y MS sean de la misma disciplina / similar.
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Si no (tal vez debido a que su EM es una disciplina diferente de su BS), entonces es una opción más segura apegarse al proyecto de EM. Cuando intenté mi primera maestría en ingeniería química, a mis compañeros de clase que no tenían experiencia en ingeniería se les exigió explícitamente que eligieran un proyecto sobre una tesis.
Las habilidades adquiridas de los proyectos de diseño y tesis a menudo se entrelazan; pero para escribir una tesis requiere mucho más pensamiento crítico, además de habilidades de recopilación de datos altamente sofisticadas y eficientes.