He usado LTSPICE para hacer cosas similares. Es un programa gratuito de Linear Technology y es muy fácil de instalar y usar. El simulador tendrá modelos para muchas partes (opamps, comparadores, filtros, etc.) de Linear Technology, que puede crear instancias en sus esquemas y simular directamente.
Si desea utilizar circuitos integrados de otras compañías en sus esquemas, eso también se puede hacer fácilmente. Por lo general, muchas compañías ofrecen modelos SPICE para productos populares. Puede hacer un símbolo para esa parte en LTSPICE, asignarlo al modelo SPICE y luego puede usarlo en sus esquemas.
Hay un grupo de Yahoo dedicado a LTSPICE, donde encontrará modelos para la mayoría de los circuitos integrados. Creo que muchos no podrán encontrar modelos para LM565 y LM566 incluso allí. Pero puede reemplazarlos con otros circuitos integrados similares para fines de simulación como CD4046 para LM565 y 74HC14 para LM565, modelos para los cuales están disponibles en el grupo de Yahoo que he mencionado.
Grupos de Yahoo para LTSPICE
LTspice / SwitcherCAD III
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Modelo para CD4046
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Modelo para 74HC14
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Espero que esto ayude.