La respuesta más simple es: el ruido se crea en las interfaces entre materiales que interactúan con las corrientes funcionales críticas de entrada o salida del dispositivo.
Por ejemplo, el dióxido de silicio-silicio por encima del canal MOSFET causa la mayor parte de su ruido debido a los estados de la interfaz: debido a que la corriente del canal fluye directamente contra este límite, se genera ruido.
El ruido de un BJT proviene principalmente del emisor de base polarizado hacia adelante que separa la base y el emisor; sin embargo, el ruido es más bajo que un MOSFET, pero debido a que la corriente de base fluye a través de esta unión, el ruido generado recibe ganancia y aparece como corriente de colector.
Los JFET son relativamente menos ruidosos (pero no siempre en todas las frecuencias) porque la capa de agotamiento de entrada separa los flujos de corriente de entrada y salida de los límites físicos y la corriente crítica no fluye (mucho) a través de esta capa de agotamiento. Los MESFET, al ser una variedad de JFET, tienen las mismas ventajas.
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Re: Comentario FinFET de Dennis: aunque es un MOSFET, el ruido reducido es principalmente un efecto de reducción de área de escala en relación con los niveles y la ganancia actuales. Sin embargo, con esto viene una mayor capacitancia de Miller en FinFET que restringe la ganancia y el ancho de banda, por lo que no es un almuerzo gratis.