¿El GPA y las publicaciones de un programa de MS compensarán un mal pregrado / BS GPA para aplicar a un programa de alto rango?

Ningún organismo puede anular las reglas de la universidad. Si es elegible para postularse a una universidad (las universidades de rango bajo-alto tienen diferentes criterios de elegibilidad), entonces la respuesta es Sí.
Si eres bueno en la producción de trabajos de investigación (que viene con al menos buenas habilidades de escritura técnica y buenas matemáticas / estadísticas de fondo), entonces serás un candidato favorito (para cada supervisor potencial) para ser un estudiante de doctorado potencial.
Mis sugerencias son:
1) Dependiendo de su área de investigación, algunas habilidades relacionadas con la investigación pueden tener más peso que otras, señalarlas y aprender a través de MOOCS siguiendo coursera.org o edX, etc.
2) Producir al menos un trabajo de investigación de alta calidad, publicado en una revista / conferencia de investigación de buena reputación. Cuantos más trabajos de investigación tenga, más favorito tendrá en casi todas las partes del mundo.