Personalmente, en este caso, iría con la universidad mejor clasificada.
Estás solicitando una EM, lo que significa que al final podrás:
- Vaya a la industria, en cuyo caso el nombre de la universidad probablemente (pero no garantizado) pese más que el de su asesor de tesis
- Aplicar a programas de doctorado en la misma universidad
- Aplicar a programas de doctorado en otras universidades
En los últimos dos casos, el nombre de su asesor y cualquier publicación posible serán más importantes que para la mayoría de los trabajos de la industria, pero el nombre de su universidad seguirá siendo bastante importante.
Con respecto al asesor, ¿se supone que debe elegir uno antes de la EM y seguir con la elección durante los dos años (supongo que han pasado dos años desde que habla de la EM, como en la EM de EE. UU. Y Canadá, y no de la MSc, Reino Unido y la mayoría de Europa lugares)? Me imagino que la elección de su tema de tesis y asesor es probable que ocurra en algún momento durante el programa, pero no antes incluso de que comience. En este caso, tendrá tiempo para conocer a los investigadores y hablar sobre su investigación y cómo se alinea con lo que quiere hacer en su tesis / en el futuro.
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Tenga en cuenta que, como primera aproximación, es razonable considerar que las mejores universidades tienen los mejores investigadores (sé que no siempre es cierto y que algunas escuelas menos conocidas pueden tener departamentos extremadamente fuertes). Difícilmente puedes equivocarte con una escuela superior, ya que tienden a ser muy fuertes en general.