¿En qué tipo de cosas los estudiantes de doctorado y los estudiantes de posgrado orientados a la investigación encuentran tedioso y podrían necesitar ayuda?

Answer 1

Contando muchas cosas!

Aquí, dime cuántas células verdes y glóbulos rojos hay en esta imagen, y luego repite eso para mis otras cien imágenes.

Bien, eso es algo realmente fácil de automatizar. ¿Células aproximadamente circulares que se destacan de sus fondos? Incluso un novato puede escribir código para hacer eso en ImageJ o Mathematica con Google y copiar y pegar. Pero ¿qué pasa con algo como contar nematodos o brotes endoteliales?

Peor aún, las perlas endoteliales podrían distribuirse en un gel de cultivo celular 3D, lo que significa que incluso para obtener la imagen, debe pasar mucho tiempo moviendo su plano de enfoque hacia arriba y hacia abajo para fotografiarlas. Y tal vez desee cuantificar algo con una lógica más difusa que eso, como “grado de conexión” o “cuánto se ve este brote como un vaso maduro”.

Hablé con un estudiante de doctorado en un laboratorio de virología, que estaba tratando de precisar la estructura de una proteína particular del VIH examinando imágenes TEM de muchas proteínas, que es básicamente como mirar las sombras 2D proyectadas por un objeto girado de diferentes maneras. , luego reconstruye el objeto 3D.

Lo involucró sentado en una sala oscura de microscopía, mirando manchas grises claras sobre un fondo gris oscuro, y decidiendo cuáles se veían o no entre sí.

Estremecimiento

Afortunadamente, hay un software para muchas de estas cosas (CellProfiler, por ejemplo), pero si no puede encontrar algo, depende de usted escribir un código janky que probablemente solo vaya a usar una vez y luego nunca vuelva a tocarlo. , porque su trabajo es recopilar datos, no escribir un buen código. Abucheo.

Answer 2

Utilizo el software Endnote para organizar archivos PDF de artículos de revistas a los que me refiero. Utilizo Google Scholar para descargar la cita y la importan a Endnote. Me gustaría importar el doi y el resumen junto con el resto de la cita, pero eso no sucede. Cuando importe directamente archivos PDF con metadatos, tendrán esta información. Pero, en general, solo los artículos relativamente recientes tienen metadatos. Encontrar, copiar y pegar el doi y los resúmenes son tediosos para mí.

Problemas del primer mundo, lo sé. Pero tú preguntaste.