La mayoría de las escuelas públicas chárter no obtienen ganancias porque de su financiamiento por estudiante tienen que pagar por sus instalaciones, a diferencia de las escuelas públicas tradicionales. Las escuelas charter pueden pagar hasta el 20% de la cantidad por estudiante por sus instalaciones. Además, muchas escuelas autónomas no tienen acceso a los fondos que tienen los distritos escolares que autorizan, tales como anulaciones y bonos de gravámenes de fábrica.
Hace unos años, en Colorado, el departamento de educación del estado realizó un estudio que mostró que los directores de las escuelas autónomas, en promedio, ganaban alrededor de $ 70,000 por año, por debajo del promedio de las escuelas públicas no autónomas. Sin embargo, existe una gran variedad de descripciones de trabajo para el puesto administrativo número uno en una escuela autónoma. Los roles de líder de instrucción, operaciones y finanzas podrían distribuirse entre varios administradores. Otra variable significativa cuando se trata de los salarios del director es el tamaño de la escuela. A los directores se les paga menos en las escuelas chárter pequeñas.