Académicamente, UCSD ocupa el puesto 14 mejor del mundo según el Ranking Académico de las Universidades del mundo (ranking de Shanghai). Está clasificada como la tercera mejor universidad pública de los EE. UU., Justo detrás de UC Berkeley y UCLA, que ocupan el tercer y el duodécimo lugar en general.
Ranking Académico de Universidades del Mundo 2016
El ranking mundial de noticias de EE. UU. De 2017 coloca a UCSD como el 15º mejor del mundo.
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UCSD sobresale en ciencia e ingeniería. Las noticias de Estados Unidos clasifican a varios programas en UCSD entre los diez mejores del mundo. Ejemplos de programas que se encuentran entre los diez mejores del mundo son Biología y Bioquímica, Farmacología, Neurociencia, Psiquiatría y Psicología, así como Biología Molecular y Genética. Ciencias de la Computación, Medicina Clínica, Inmunología y Geociencia están clasificadas entre las 20 mejores del mundo.
Fuera del mundo académico, UCSD no es tan conocido como UC Berkeley y UCLA.