Quiero dedicarme a la investigación en computación cuántica. ¿Una doble especialización en Física y EE es una buena opción?

Esta es solo mi opinión, entiendo, pero hacer una doble especialización como estudiante universitario es mucho menos importante que a quién te dedicas como estudiante de posgrado. Para colocarse en una posición de ser un aprendiz deseable, desea hacer un trabajo excepcional como estudiante universitario y eso motiva contra cualquier tipo de doble especialización.

Dado que la computación cuántica está bastante lejos de la aplicación, supongo que un fondo de física sería más útil que uno de ingeniería.

No vas a estar en condiciones de investigar con un BS o con múltiples BS. Así que usa tu BS para pensar en la escuela de posgrado. Francamente, te aconsejo que vayas a una universidad de pregrado de primer nivel, no a una universidad importante, para ti BS. En algún lugar como una de las universidades de Claremont. Estarás en el radar de la facultad allí. No estarás en una gran institución. Utilice la gran institución para lo que es bueno: capacitarlo como estudiante graduado.