Permítanme escribir como respuesta todos mis intentos y experiencias previas.
En primer lugar, estoy usando una Mac, así que de alguna manera estoy limitado al software OS X.
He estado usando LaTeX durante 5 o 6 años, escribí mis 2 tesis (BSc. Y MSc., Ahora trabajando en mi doctorado), 2 documentos científicos y muchas notas de cursos para mis alumnos. Así que lo sé bastante bien, pero nunca he podido producir un documento “rico”, al menos no más que agregar algunas imágenes, diagramas, figuras y escribir en color. Sé que tiene algunas mayúsculas y puede crear algunos encabezados y portadas de capítulos elegantes, pero el proceso no es del todo intuitivo y me encontré con ganas de más.
Ahora estoy probando Adobe InDesign. Nunca lo he usado, pero como es el estándar para muchos editores de escritorio, pensé que debería intentarlo. Desafortunadamente, veo que aunque el contenido enriquecido para las páginas se agrega y administra de manera excelente, agregar ecuaciones requiere algunos complementos (que los importan como imágenes) o algunas soluciones feas. Entonces, para la escritura científica, hasta ahora, diría que InDesign no es el camino a seguir.
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También compré una aplicación interesante de OS X, Eazy Draw 7, que es básicamente una aplicación de dibujo vectorial, pero maneja bastante bien los PDF. Sin mencionar que incluye muchos objetos científicos y símbolos predefinidos. Aunque no lo he probado a fondo, parece bastante básico cuando se trata de formato y diseño de documentos.
Hay otra herramienta que me encanta, LaTeXiT. Lo uso para agregar ecuaciones con formato LaTeX en páginas y documentos de Word. Pero de alguna manera parece que no puedo usarlo con InDesign. Sin embargo, logré hacerlo funcionar con Illustrator.
También hay una aplicación nativa de Mac muy interesante, iBooks Author, muy fácil de usar, pero la desventaja es que solo puede generar ese formato cerrado de ibooks, lo cual es una desventaja para la mayoría de mis estudiantes.
También estoy considerando escribir una especie de “aplicación web”, usando Markdown, HTML y CSS para que finalmente pueda convertirla en un tipo de ejecutable multiplataforma independiente, pero este método parece tedioso.
Así que esta es mi experiencia hasta ahora. No sé qué usaría si no surgen otras sugerencias, tal vez una combinación de páginas o Word con LaTeXiT.