¿Cómo debería, como asistente de investigación de pregrado, tratar con un estudiante graduado que me decepciona mucho?

Depende de qué tipo de persona es el asesor y cuál es la relación entre el asesor y ese estudiante graduado. Si el asesor es injusto, particularmente ocupado o tiene habilidades sociales particularmente malas, o ese es su alumno favorito, probablemente no debería plantearle sus inquietudes al asesor (y debe buscar la manera de obtener algo de experiencia en algunos otro laboratorio también, pero lo tendrá en cualquier caso, esa pasantía, ¿verdad? Conozco muchos casos en los que una pasantía de verano significó mucho más que un año académico completo en investigación junto con las clases, incluido el mío). En la mayoría de los otros casos, probablemente pueda y deba, si su conversación honesta uno a uno con el estudiante no lo resuelve (en tales cosas, casi siempre es una mejor idea tratar primero de tratar con la persona que es la fuente de problema y con las autoridades solo si falla). En todas esas conversaciones, por supuesto, sea muy educado, respetuoso, sin confrontaciones, pero haga todo lo posible para aclarar sus puntos.