¿Es mejor estudiar pregrado CS y coterm EE MS o estudiar EE pregrado y coterm CS MS?

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Depende completamente de lo que quieras hacer. Ahora EE y CS son flujos bastante diferentes. Por un lado, estudiará cualquier cosa, desde máquinas eléctricas, sistemas de transmisión de potencia, sistemas de control, electrónica analógica, sistemas de RF y microelectrónica y mucho más. En el lado de CS aprenderá lenguajes de programación, algoritmos, manejo de datos, redes de computadoras y mucho más. Debido a que hizo esta pregunta, supongo que desea trabajar en un área donde convergen las dos corrientes. Este sería un número de campos como la robótica, los sistemas integrados, el control del sistema de potencia, el diseño del sistema de control, son algunos de los que puedo pensar en la parte superior de mi cabeza. Ahora podemos dividirlos en EE dominante o CS dominante. (Por cierto, esta es mi propia clasificación que se me ocurrió para ayudarlo a comprender mejor la situación)
EE dominante: esto incluye campos como la robótica y el control del sistema de potencia. Aquí es esencial un buen conocimiento del mundo físico con el que estás interactuando. En robótica, por ejemplo, necesitará un buen conocimiento de los motores y su comportamiento, sus características. En el control del sistema de potencia, necesitará saber cómo optimizar su control y necesitará un conocimiento profundo de cómo se comportará el sistema. Entonces, para estos campos, sería mejor tener una base de EE como mayor.
CS dominante: esto incluye campos como sistemas integrados, procesamiento de señales y procesamiento de imágenes. Aquí, una base sólida con habilidades de programación sería muy útil para implementar la solución. Con todas las tecnologías tratando de optimizar en todos los frentes, sería útil tener el conocimiento para optimizar también en el frente de la programación cuando se trata de estos sistemas.
Al final todo se reduce a lo que quieres estar trabajando. Si desea trabajar en más hardware o le gustaría trabajar en software. ¿Te gusta la emoción de trabajar físicamente en el laboratorio junto a los brazos robóticos que se mueven a altas velocidades o te gusta trabajar con algoritmos más rápidos y la emoción de trabajar un algoritmo 10nano segundos más rápido?
PD: En mi experiencia personal, el conocimiento de programación requerido para trabajar con máquinas eléctricas, sistemas de potencia y electrónica de potencia se aprenderá durante su curso y también puede ser autodidacta.