Si tuviera que cursar una maestría en el tema de la evolución, ¿qué documentos debería leer?

Answer 1

¡Gracias a Justin Ma por la A2A!

EDITAR: si desea que agregue un documento a esta lista, solo comente / envíeme un mensaje y lo agregaré y lo etiquetaré

Oh hombre. Esto va a ser divertido. Hay muchos, muchos subcampos para la biología evolutiva. Cubriré algunas con más detalle que otras, porque conozco algunas áreas mejor que otras.

Mis áreas principales son:
Genética de la población: no soy matemático, pero estoy algo familiarizado con la teoría
Evolución experimental
Genómica / evolución molecular

Cosas que estaré submuestreando:
Filogenética
Especiación
Demografía
Cualquier cosa que ver con la evolución de las plantas.

Cosas hacia las cuales me inclino:
Documentos basados ​​en la adaptación / selección, ya que soy un gran seleccionista.

ESTO NO ES UNA LISTA COMPLETA O INTEGRAL.

——————————————————————————

Si desea estudiar la evolución, debe comprender la genética de la población, al menos un poco .

Libros de texto de genética de poblaciones:
Estos cubrirán los conceptos fundamentales y las pruebas, en diferentes cantidades de detalles. También cubrirán ampliamente la literatura genética de la población. Son el único tipo de libro de texto de evolución que vale la pena leer sobre los documentos primarios para una buena introducción al campo.

Principios de genética de poblaciones de Hartl y Clark. Obtenga una edición anterior si lo desea, no son demasiado caras. En esto se basan muchos cursos sobre genética de poblaciones.

Principios de Genética de Poblaciones, Cuarta Edición: Daniel L. Hartl, Andrew G. Clark: 9780878933082: Amazon.com: Libros

La Genética de Población de Gillespie, una guía concisa es lo que mi IP utiliza para enseñar popgen. Muy corto, pero denso y una gran introducción al campo.

Genética de poblaciones: una guía concisa: 9780801880094: Libros de medicina y ciencias de la salud en Amazon.com

También he escuchado grandes cosas sobre este libro, pero no lo he usado personalmente:
Elementos de la genética evolutiva: Brian Charlesworth, Deborah Charlesworth: 9780981519425: Amazon.com: Libros

————————————————————————

Revisar articulos

Los artículos de revisión son un excelente lugar para comenzar en cualquier campo, ya que resumen una década de trabajo primario, le dan referencias a todos ellos y le brindan una perspectiva general sobre el campo. Tenga en cuenta que no he leído algunos de estos, y solo he leído otros. Estoy eligiendo artículos basados ​​en la diversidad de temas cubiertos, y confío en que te darán un buen conjunto de referencias.

Romero, P. a, y Arnold, FH (2009). Explorando paisajes proteicos de fitness por evolución dirigida. Opiniones de la naturaleza. Molecular Cell Biology , 10 (12), 866-76. doi: 10.1038 / nrm2805

De Visser, JAGM y Krug, J. (2014). Paisajes empíricos de fitness y la previsibilidad de la evolución. Opiniones de la naturaleza. Genética , 15 (7), 480–90. doi: 10.1038 / nrg3744

Harms, MJ y Thornton, JW (2013). Bioquímica evolutiva: revela las causas históricas y físicas de las propiedades proteicas. Opiniones de la naturaleza. Genética , 14 (8), 559–71. doi: 10.1038 / nrg3540

Barrick, JE y Lenski, RE (2013). Dinámica del genoma durante la evolución experimental. Opiniones de la naturaleza. Genética , 14 (12), 827–839. doi: 10.1038 / nrg3564

Oleksyk, TK, Smith, MW y O’Brien, SJ (2010). Escaneos de todo el genoma para huellas de selección natural. Transacciones filosóficas de la Royal Society de Londres. Serie B, Ciencias biológicas , 365 (1537), 185-205. doi: 10.1098 / rstb.2009.0219

Sousa, V. y Hey, J. (2013). Comprender el origen de las especies con datos a escala del genoma: modelar el flujo de genes. Opiniones de la naturaleza. Genética , 14 (6), 404–14. doi: 10.1038 / nrg3446

Pool, JE, Hellmann, I., Jensen, JD y Nielsen, R. (2010). Inferencia genética de población a partir de la variación de la secuencia genómica. Genome Research , 20 (3), 291–300. doi: 10.1101 / gr.079509.108

Hoban, S., Bertorelle, G. y Gaggiotti, OE (2012). Simulaciones por computadora: herramientas para población y genética evolutiva. Nature Reviews Genetics , 13 (2), 110–122. doi: 10.1038 / nrg3130

————————————————————————————-

Artículos importantes de investigación primaria / Artículos principales en el subcampo

La primera evolución experimental. Es divertido de leer, y la conclusión es bastante poderosa.

Dallinger, WH (1887). El discurso del presidente. Revista de la Royal Microscopical Society , (abril), 185-199.

Este artículo presenta la “teoría fundamental de la selección natural”

Fisher, R. (1930). La teoría genética de la selección natural . The Eugenics Review (1ª ed., P. 272). Oxford: Oxford en Clarendon Press. Recuperado de http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/…

Este artículo afirma que la mayoría de las mutaciones que se acumulan en los genomas deben ser neutrales.

Kimura, M. (1968). Tasa evolutiva a nivel molecular. Naturaleza , 0-2. Recuperado de http://www.genomics.arizona.edu/…

Uno de los primeros ejemplos sólidos de selección natural en la naturaleza.

Reznick, D. y Endler, J. (1982). El impacto de la depredación en la evolución de la historia de vida en guppies trinitarios (Poecilia reticulata). Evolución . Recuperado de http://www.jstor.org/stable/2407978

Pruebas de selección utilizando datos moleculares.

Tajima, F. (1989). Método estadístico para probar la hipótesis de la mutación neutral por polimorfismo de ADN. Genética , 123 (3), 585–95. Recuperado de la página en nlm.gov

McDonald, J. y Kreitman, M. (1991). Evolución proteica adaptativa en el locus Adh en Drosophila. Nature , 351 , 652–654. Recuperado de http://ib.berkeley.edu/labs/slat…

Diversificación adaptativa:

Rainey, P. y Travisano, M. (1998). Radiación adaptativa en un entorno heterogéneo. Nature , 394 , 69–72. Recuperado de http://isites.harvard.edu/fs/doc… y Travisano 1998 – Radiación adaptativa en un entorno heterogéneo.pdf

El experimento de Lenski: 60.000 generaciones y contando un cultivo de bacterias que evolucionan en el laboratorio. Han extraído este recurso ampliamente para un análisis muy interesante de los resultados evolutivos.

Blount, ZD, Barrick, JE, Davidson, CJ y Lenski, RE (2012). Análisis genómico de una innovación clave en una población experimental de Escherichia coli. Nature , 488 (7417), 513–518. doi: 10.1038 / nature11514

Blount, ZD, Borland, CZ y Lenski, RE (2008). Contingencia histórica y la evolución de una innovación clave en una población experimental de Escherichia coli. Actas de la Academia Nacional de Ciencias de los Estados Unidos de América , 105 (23), 7899-906. doi: 10.1073 / pnas.0803151105

Cooper, TF, Rozen, DE y Lenski, RE (2003). Cambios paralelos en la expresión génica después de 20,000 generaciones de evolución en Escherichiacoli. Actas de la Academia Nacional de Ciencias de los Estados Unidos de América , 100 (3), 1072–7. doi: 10.1073 / pnas.0334340100

Khan, AI, Dinh, DM, Schneider, D., Lenski, RE y Cooper, TF (2011). Epistasis negativa entre mutaciones beneficiosas en una población bacteriana en evolución. Science , 332 (6034), 1193–6. doi: 10.1126 / science.1203801

Wiser, MJ, Ribeck, N. y Lenski, RE (2013). Dinámica de adaptación a largo plazo en poblaciones asexuales. Science (Nueva York, NY) , 1364 . doi: 10.1126 / science.1243357

Woods, RJ, Barrick, JE, Cooper, TF, Shrestha, U., Kauth, MR y Lenski, RE (2011). Selección de segundo orden para la capacidad de evolución en una gran población de Escherichia coli. Science , 331 (6023), 1433–1436. doi: 10.1126 / science.1198914

Inferencia demográfica del laboratorio de Bustamante

Novembre, J., Johnson, T., Bryc, K., Kutalik, Z., Boyko, AR, Auton, A., … Bustamante, CD (2008). Los genes reflejan la geografía dentro de Europa. Nature , 456 (7218), 98-101. doi: 10.1038 / nature07331

Un buen ejemplo de un cuello de botella genético

Kenny, EE, Timpson, NJ, Sikora, M., Yee, M.-C., Moreno-Estrada, A., Eng, C., … Myles, S. (2012). El cabello rubio melanesio es causado por un cambio de aminoácidos en TYRP1. Science , 336 (6081), 554. doi: 10.1126 / science.1217849

Reconstrucción de genotipos intermedios para comprender la previsibilidad de la evolución.

Weinreich, DM, Delaney, NF, Depristo, M. a, y Hartl, DL (2006). La evolución darwiniana puede seguir solo muy pocos caminos mutacionales para ajustar las proteínas. Science (Nueva York, NY) , 312 (5770), 111-4. doi: 10.1126 / science.1123539

Dinámica evolutiva de grandes poblaciones

Desai, MM y Fisher, DS (2007). Balance de selección de mutación beneficiosa y el efecto de la vinculación en la selección positiva. Genética , 176 (3), 1759–98. doi: 10.1534 / genética.106.067678

Experimentos para mostrar la dinámica de grandes poblaciones

Kvitek, DJ y Sherlock, G. (2013). Genoma completo, secuenciación de la población entera revela que la pérdida de redes de señalización es la principal estrategia de adaptación en un entorno constante. PLoS Genetics , 9 (11), e1003972. doi: 10.1371 / journal.pgen.1003972

Lang, GI, Rice, DP, Hickman, MJ, Sodergren, E., Weinstock, GM, Botstein, D. y Desai, MM (2013). Autostop genético generalizado e interferencia clonal en cuarenta poblaciones de levaduras en evolución. Naturaleza . doi: 10.1038 / nature12344

Herron, MD, y Doebeli, M. (2013). Dinámica evolutiva paralela de la diversificación adaptativa en Escherichia coli. PLoS Biology , 11 (2), e1001490. doi: 10.1371 / journal.pbio.1001490

Reconstrucción de proteínas antiguas:

Ortlund, E. a, Bridgham, JT, Redinbo, MR y Thornton, JW (2007). Estructura cristalina de una proteína antigua: evolución por epistasis conformacional. Science (Nueva York, NY) , 317 (5844), 1544–8. doi: 10.1126 / ciencia.1142819

Modelado de inferencia demográfica:

Gutenkunst RN, Hernandez RD, Williamson SH, Bustamante CD (2009) Inferir la historia demográfica conjunta de múltiples poblaciones a partir de datos de frecuencia SNP multidimensional. PLoS Genet 5 (10): e1000695. doi: 10.1371 / journal.pgen.1000695

Genes de especiación

Sun, S., Ting, C.-T. y Wu, C.-I. (2004) La función normal de un gen de especiación, Odysseus, y su efecto de esterilidad híbrida. Science (Nueva York, NY) , 305 (5680), 81–3. doi: 10.1126 / ciencia.1093904

Duplicación y resolución del genoma

Wolfe, KH y Shields, DC (1997). Evidencia molecular de una antigua duplicación de todo el genoma de la levadura. Nature , 387 (6634), 708–713.

Answer 2

No soy un biólogo evolutivo de ninguna manera, por lo que también me interesaría ver una lista: llamaré a los biólogos evolutivos en Quora por ti. Mi respuesta aún puede ayudarte a comenzar.

Comience con un buen libro de texto. Si bien leer clásicos es una gran idea, muchos están escritos en un estilo anticuado, por lo que a menudo son un mal lugar para comenzar . Hay clásicos que no he leído en mi propio campo, porque no hay razón para hacerlo. Conozco la información, y se ha incorporado más elocuentemente en otros lugares.

El análisis evolutivo de Freeman y Herron es un buen lugar para comenzar. Hay muchas referencias dentro de artículos originales. Me gusta este libro de texto porque está escrito en un buen formato de referencia, es decir, está muy orientado hacia lo que estás buscando. Las citas son en línea, no una bibliografía. Si va a comprarlo, ahórrese algo de dinero y obtenga una edición vieja y usada.

Les pedí en los comentarios que fueran más específicos, porque la biología evolutiva se ha expandido a muchos campos diferentes. Algunos subcampos / campos superpuestos incluyen genética de poblaciones, genética cuantitativa, evolución molecular, sistemática, anatomía / fisiología comparada, ecología y comportamiento animal (etología). Podrías hacer grandes listas para cada uno de ellos; quizás quieras explorar cada uno un poco si recién estás comenzando.

Por ejemplo, aquí hay una lista de libros y recursos genéticos de población recomendados.

Finalmente, un artículo que debe leer o al menos tener en cuenta: The Spandrels of San Marco and the Panglossian Paradigm: A Critique of the Adaptationist Program. Juega hacia mi sesgo de neutralismo, pero debes entender los argumentos neutralistas si vas a convertirte en un biólogo evolutivo.

Answer 3

No estoy seguro de lo que quieres decir con “maestría en evolución”. ¿Quieres decir que quieres una maestría en biología? Hay una gran cantidad de libros de texto para enseñarle sobre la evolución, incluso a nivel de pregrado, que probablemente serán más fáciles que leer el material original, ya que el libro de texto hará algún tipo de digestión. ¿O estás más interesado en las discusiones académicas (vibrantes y emocionantes) sobre los detalles de la biología evolutiva? En ese caso, realmente debería preguntarse qué tipo de documentos debería ESCRIBIR al respecto.