Básicamente, debe generar un genotipo de genoma o genérico (Genotipado) del niño, la madre y todos los padres potenciales.
El análisis RFLP es la vieja forma de hacerlo. Ver Restricción de longitud de fragmento de polimorfismo. Es engorroso y requiere mucho tiempo, y requiere mucha más experiencia técnica que los métodos más nuevos.
Hoy en día puedes hacer microarrays de ADN genotipados basados en matriz. La secuenciación del genoma completo funcionaría, pero es excesivo para un propósito tan simple y es demasiado costoso y laborioso para este uso.
La secuenciación de sanger dirigida funcionaría, pero necesitaría probar muchas variantes, por lo que no es práctico.
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tl; dr: la secuenciación del genoma completo es demasiada información, la secuenciación de sanger es muy poca, la tecnología RFLP es demasiado antigua y los métodos basados en microarrays son correctos.