A2A. No sé qué necesitarás, pero puedo decirte cuál uso. Al preguntar sobre el software, no abordo los idiomas (compilados o interpretados) ni los recursos científicos.
Para el desarrollo y la representación de datos, uso Mathematica. Muy fácil, versátil, totalmente integrado, pero costoso. De vez en cuando, uso MatLab, SciLab. Gnuplot también es interesante, pero solo para gráficos. Utilizo GAP para la teoría de grupos, R y SAGE de vez en cuando, esencialmente cuando estoy tratando con problemas de estadísticas (se encuentran en el límite entre los softwares y los idiomas). Para presentar los resultados, uso Keynote, Powerpoint, Prezi. Los artículos están escritos con LateX, y yo uso TeXShop y la distribución MikTeX. Yo uso LateXiT para incluir ecuaciones en presentaciones. La bibliografía se realiza con BibDesk. Le ahorro la navegación web, el cliente de correo y la oficina habitual, como herramientas u otras herramientas de productividad.
Creo que puedes aprender estas herramientas con la práctica. Quiero decir que no debes aprenderlos a priori, sino solo cuando los necesites. De lo contrario, te ahogarás.
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