No creo que haya una respuesta específica relacionada con la gramática para esto (como la hay para la diferencia menor / menor o la postura / mentira). Como frases preposicionales, son posiblemente intercambiables, pero tengo mis preferencias personales para cuando uso una sobre la otra.
Uso “a ese nivel” para describir conceptos abstractos que tienen una jerarquía reconocida, pero que no se reconocen como que tienen “niveles” literales. Por ejemplo, si hablara de la Corte Suprema de los Estados Unidos, podría decir: “Los casos en ese nivel del sistema judicial son de importancia nacional”.
Uso “en ese nivel” cuando estoy hablando de algo que realmente tiene “niveles” en los que alguien o algo puede estar “en”. Por ejemplo, si jugara Super Mario Bros., podría decir “No me gusta el Mundo 4-1 porque sigo muriendo en ese nivel”.
Los verbos también pueden afectar qué frase se usa. Por ejemplo, no diría que debería “ponerse a mi nivel”, sino que debería “ponerse a mi nivel”.
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Para mí, se trata de cuál causa menos confusión y suena mejor en la oración. Solo mi opinión sin embargo. (: