Utilizo lápiz y papel para cursos de geometría y topología, y vivo cursos de álgebra y análisis de TeX.
Para los cursos de topología, es útil tener una imagen visual clara de los diversos conceptos. Por ejemplo, el concepto de transversalidad, con su definición formal que involucra espacios tangentes, puede ser difícil de analizar al principio, pero con una imagen de un múltiple transversal a otro múltiple o un mapeo, queda claro inmediatamente lo que significa para dos múltiples ser transversal. Tuve experiencias similares con otros conceptos como el cobordismo.
Por lo tanto, me resulta muy útil garabatear imágenes que me ayuden a comprender y dibujar cosas que en LaTeX tardan demasiado en ser útiles.
Sin embargo, para los cursos de álgebra y análisis donde los conocimientos generalmente no provienen de imágenes visuales sino de cosas como analogías con otros objetos matemáticos o diagramas conmutativos, me resulta útil vivir el material de clase en TeX, ya que esto me da tiempo para no solo escribir Anote lo que el profesor escribe en la pizarra pero comentarios útiles que el profesor hace pero no escribe.
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Yo uso la combinación de sublime y Skim-pdflatex para el látex.