Creo que realmente depende de en qué te quieras especializar.
Cada escuela es excelente en una materia diferente.
Entonces, por ejemplo, si está interesado en especializarse en Recuperación de Información, la Universidad Federal de Minas Gerais (UFMG) es, sin duda, la mejor.
Un profesor allí, Berthier Ribeiro Neto, literalmente escribió EL libro sobre recuperación de información, http://amzn.to/fUp3Za, y es jefe del Centro de Investigación y Desarrollo Latinoamericano de Google en Belo Horizonte.
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Si está interesado en Mobile, entonces quizás la Universidad Federal de Pernambuco (UFPE) sea la mejor, etc.
Por lo tanto, probablemente debería averiguar qué faceta de Ciencias de la Computación le interesa y luego elegir la escuela que tenga el programa más sólido.
Otro factor a tener en cuenta: la cultura en cada escuela es diferente.
Entonces, por ejemplo, algunas escuelas están más abiertas al emprendimiento, mientras que otras son más académicas o se centran en preparar a los graduados para carreras en grandes empresas.
Dependiendo de lo que le interese hacer, esto podría tener grandes consecuencias.
¡Buena suerte!