La diferencia es cuánto control tienes sobre el modelo. APDL significa ANSYS Parametric Design Language. Eso significa que está escribiendo el programa, a menudo en modo por lotes, a diferencia de las operaciones de apuntar y hacer clic en una GUI como lo estaría haciendo en Workbench. También puede usar un enfoque combinado configurando cosas generales que son mucho más fáciles de hacer en una GUI y luego aplicando comandos APDL para hacer cosas más complicadas que no son estándar en el entorno de Workbench.
Editar: dije que a menudo escribes el programa APDL en modo por lotes, pero debo aclararlo. A menudo EDITAS el programa para incluir comandos más complicados y sofisticados y lo ejecutas en modo por lotes. Puede ser difícil escribir todo el programa sentándose frente a su editor de texto y revisando la referencia de comando APDL, por lo que generalmente usa comandos individuales y funcionalidad GUI para configurar las cosas simples en Mechanical APDL y luego toma el archivo de registro que muestra todo lo que hiciste en forma de comando. Luego toma este archivo de registro y lo convierte en la base de su programa al que agrega sus modificaciones de nivel superior.