En los cálculos de geometría 3D en programas como Rhino, ¿por qué se producen errores en las operaciones de intersección booleana?

¡Sí, es booleano! Tienes razón. En la mayoría de los casos, los booleanos son un dolor de cabeza para los artistas 3d. Entienda el problema antes de frustrarse con el programa.
Una función booleana es una operación muy simple entre dos objetos. En Rhino, la técnica de modelado principal es NURBS (splines B [base] racionales no uniformes). Entonces, por ejemplo, si solo está tratando de llenar el extremo de un cilindro abierto, obtendremos una forma que cubra el extremo del cilindro. PERO esa superficie que acaba de crear tiene muchos bordes ocultos para obtener la forma de la tapa del cilindro. Porque las NURBS son continuas.

A continuación hay algunos factores más que pueden causar problemas para la función booleana.
CGTalk – Boolean apesta, ¿por qué?
Problema booleano [Archivo] – Tutores digitales
rinoceronte: booleanfaq [McNeel Wiki]
Espero que esto ayude.!!