Puedes usar un editor gráfico un poco más avanzado, como Gimp (es gratis).
Estos editores pueden calcular un histograma de brillo (o colores). La respuesta a su pregunta es el área total de color “negro”. Gimp puede decirle este número para el rango seleccionado en un histograma (Colores -> Infor -> Histograma). 
Aquí tienes 33,918 puntos negros más o menos de 122,150.
Para excluir el área negra fuera de la placa de Petri, puede editar primero la imagen y llenarla manualmente con color blanco, o hacer una imagen de control de una placa vacía. 
Entonces, aquí solo hay 3.124 píxeles negros en el plato.
Espero que ayude.
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