Una posibilidad es que sus objetos se dividan aproximadamente en tres grupos, donde los objetos dentro de un grupo son similares entre sí, y los objetos de un grupo están aproximadamente a la misma distancia de los objetos en un grupo diferente.
En ese caso, sus datos se agruparán alrededor de tres puntos en un triángulo equilátero. Si el programa que utiliza para ejecutar su MDS le gusta centrar sus datos en el origen y colocar uno de estos puntos de agrupación en el eje x positivo, por ejemplo, observará que 2/3 de sus puntos se encuentran a la izquierda semiplano y 1/3 de sus puntos se encuentran en el semiplano derecho. Además, de los 2/3 puntos en el semiplano izquierdo, la mitad de ellos se ubicará por encima del eje xy la otra mitad debajo de él.
Independientemente de si esta explicación particular se aplica a su situación, existen muchas otras posibles explicaciones mundanas para el fenómeno que está observando.
No leería demasiado sobre él, especialmente porque, como se menciona en el artículo de Wikipedia que vinculaste, las representaciones de MDS se pueden traducir, rotar y reflejar arbitrariamente, sin cambiar su validez. Sin embargo, traducir, rotar y reflejar la representación MDS de sus datos cambiará en qué cuadrante están las cosas, lo que sugiere que el efecto que está observando es un producto tanto de sus datos como del algoritmo MDS que está utilizando, y no es una característica de sus datos por sí mismo.
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