Yo diría que son más o menos iguales en dificultad. Las ecuaciones diferenciales requerirán una mayor memorización de las técnicas, pero es posible que las encuentre muy intuitivas. Habrá muy pocas pruebas. Esto probablemente se deba a que están demasiado avanzados para un primer curso.
El álgebra lineal es un poco diferente. Tendrás que memorizar algunos algoritmos y habrá pruebas. Si este es su primer curso basado en pruebas, puede resultarle difícil. El álgebra lineal, dependiendo de cómo se enseñe, puede ser una clase abstracta o muy aplicada.
Si tuviera que elegir, diría que el álgebra lineal es más difícil. También debo mencionar que el álgebra lineal es el lenguaje de las matemáticas aplicadas. Entonces, si está interesado en las EDO, eventualmente deberá intimar con el álgebra lineal. Nunca lo escaparás. Sería prudente aceptarlo más temprano que tarde.
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