TL; DR : el término perpendicular describe una propiedad de dos vectores, ortogonal es una propiedad relacionada de cualquier colección de vectores, y normal es una relación entre un vector y un punto de una superficie lisa.
Detalles
Dos vectores son perpendiculares si y solo si su ángulo es un ángulo recto; En el lenguaje de los espacios de productos internos, su producto interno es cero.
Un vector normal de un punto en una superficie lisa es cualquier vector perpendicular al (hiper) plano que mejor se aproxima a la superficie en ese punto. También es común requerir que los vectores normales sean de longitud unitaria y apunten ‘hacia afuera’ en una superficie cerrada.
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Una colección de vectores es ortogonal si y solo si son perpendiculares por pares. Ampliando esto, una matriz es ortogonal si sus vectores de columna son ortogonales y de longitud unitaria (este último requisito no tiene nada que ver con la ortogonalidad, y el hecho de que dicha matriz se llame ortogonal en lugar de ortonormal es equipaje histórico).